Если папка Автозагрузка пустая, то откуда загружаются программы?

Для некоторых программ команда на запуск дается из реестра, а именно из HLKM \SOFTWARE \MICROSOFT \WINDOWS \CURRENTVERSION \RUN (и аналогичной ...\RUNONCE). Здесь записываются значения для соответствующих программ при запуске ОС. Если вы не уверены в том, что это за программа, следует сохранить соответствующую строку в каком-либо файле (Редактор реестра – Файл – Экспорт). Встроенная в Windows ХР программа – msconfig позволяет очень удобно управлять параметрами загрузки ОС. Запуск утилиты: Пуск – Выполнить – ввести в поле msconfig  - ОК.