Невозможно заменить файл в папке System32. Что делать?

В данном случае сработала система защиты файлов. Она не отключается для загрузочного раздела винчестера даже при отключении Системы Восстановления путем снятия соответствующей галки на странице ее настройки.

Однако при полном понимании всех возможных последствий вы можете воспользоваться небольшой программкой по имени SetSfc. Она позволяет изменить параметры «Система восстановления Windows 2К/ХР», либо полностью ее отключить – это касается и загрузочного сектора.