При каждом запуске ОС начинается проверка диска D (FAT 32), где стоит Windows ХР (на диске С - Windows 98)? Как можно решить эту проблему?

Первое что необходимо, это провести полную проверку диска. В WindowsXP необходимо выбрать диск D -> Свойства -> Сервис -> Выполнить проверку и отметить галочками "автоматически исправлять системные ошибки" и "проверять и восстанавливать поврежденные сектора". Нажать OK. На экран выведется сообщение, что проверка будет произведена при последующей перезагрузке. Дождитесь полной проверки, не прерывая ее, иначе флаг "dirty" для диска не будет снят и проверка файловой системы при каждом запуске будет продолжаться.